I gesuiti stabilirono un rigido programma scolastico, prodotto da una lunga serie di sperimentazioni i cui risultati venivano discussi e modificati nei loro difetti. Nel 1599 venne elaborato il definitivo programma di studi: la Ratio studiorum, un ampio documento che regolava le regole, i programmi, gli orari, la didattica e le norme di comportamento all'interno dei collegi gesuiti. Il piano di studi era identico per ogni collegio, così da facilitare gli allievi in eventuali trasferimenti. Gli insegnanti erano di varia provenienza ma tutti all'interno del collegio utilizzavano la lingua latina. La struttura scolastica era piramidale e prefigurava quella assunta ad oggi dallo stato. Gli scolari erano distinti in esterni, ossia laici e scolastici, coloro che volevano entrare nell'ordine. Il loro corso di studi si articolava in 3 fasi: la prima era il corso umanistico seguito da quello filosofico e da quello teologico. CORSO UMANISTICO: iniziava tra i 10 e 12 anni ed era incentrato sullo studio della grammatica durante i primi 3 anni, un anno di umanità e un anno di retorica. Questo corso era funzionale all'assimilazione della lingua greca e latina, fondamentali per potersi muovere liberamente negli ambienti colti dell'epoca oltre che allo studio dei grandi autori classici.
CORSO FILOSOFICO: paragonabile al triennio del liceo classico, prevedeva lo studio della logica, della fisica, della cosmologia, della matematica e dell'etica.
CORSO TEOLOGICO: una sorta di corso universitario accessibile unicamente a coloro che avrebbero preso i voti e che prevedeva lo studio delle Sacre Scritture, della lingua ebraica e della teologia morale e dogmatica.
Essi introdussero inoltre diverse novità didattiche nella Ratio Studiorum, tra queste:
- la divisione degli alunni in classi a seconda dell'età;
- la gradualità dell'insegnamento e l'attenzione per le inclinazioni personali dei sinoli individui;
- la presenza di un unico docente;
- la presenza di esami per passare al corso successivo;
- l'utilizzo di premi e punizioni;
- l'obbligo di utilizzare la lingua latina;
- lo studio a memoria, i temi o composizioni scritte e la discussione pubblica;